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北京市神经外科研究所创建于1960年3月，是国内最早建立以神经外科研究为重点的公益型研究所，现任所长张亚卓，副所长江涛。研究所现有职工182人，设有5个行政管理部门、14个基础研究室、6个临床研究室、1个防治研究室、2个社会团体。 

在首任所长赵以成、第二任所长王忠诚的带领下，研究所已发展为科研、教学、临床为一体的、亚洲最大、在世界上享有声誉的神经外科研究机构。“世界卫生组织神经科学研究与培训中心” 、“北京神经外科学院”、“国家卫生计生委神经内镜与微创专业技术培训基地”、“脑肿瘤研究北京市重点实验室”、“中枢神经损伤研究北京市重点实验室”、“神经电刺激研究与治疗北京市重点实验室”、“脑肿瘤研究北京市国际科技合作基地”和“脑胶质瘤研究国际合作暨临床试验平台”均设在研究所。

北京市神经外科研究所一直坚持以转化医学研究为主线，以临床重大需求为向导，紧密结合市政府和首都人民群众的需求，针对神经外科领域重大、疑难疾病的基础与临床问题进行系统研究，努力创立新理论，研制新技术，建立新方法。研究所以天坛医院为临床基地，在脑肿瘤、血管疾病、颅脑外伤、脊柱、脊髓病变、功能神经外科等诊疗应用技术的研发、转化、推广应用方面取得了突出的成绩，在神经外科诸多领域的基础和临床技术研究达到了世界先进水平。先后共承担课题338项，取得科研成果285项，其中国家级27项,国际4项，王忠诚院士2009年获国家科技最高奖，2012年获得小行星命名的殊荣。

研究所的宗旨是立足国际前沿，围绕脑重大疾病的基础和临床问题，致力于新理论、新技术、新方法的研究转化和应用，推动我国神经外科基础和临床医学水平的提高，充分发挥优秀人才、尖端设备和先进技术等综合优势，在积极参与国家重大项目、解决脑重大疾病科学问题的过程中，建立国际一流的产学研相结合的神经外科转化医学基地，培养具有国际一流的神经外科基础与临床人才队伍。