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安徽省医学会、安徽省医学情报研究所、安徽省中医文献所分别成立于1947年、1979年和1989年。1993年10月，省卫生厅根据省编委批复意见，决定将省医学情报研究所与省医学会实行统一领导与管理，对内一套机构，对外两块牌子，编制41人。2003年，省卫生厅根据省编委《安徽省卫生厅直属事业单位分类管理实施方案》（皖编〔1997〕36号），宣布将安徽省中医文献研究所并入省医学情报研究所，并保留省中医文献所的牌子，编制增至56人。

现有在职在编人员33人，其中，高级职称11人。内设办公室、人事保卫科、财务科、中医文献研究室、学会部、继续医学教育办公室、医疗事故技术鉴定办公室及医学情报研究室（《安徽医学》编辑部）。主要的业务工作包括：中医文献和医学信息研究、学术交流、医学科技期刊的编辑出版、继续医学教育与培训、医疗事故技术鉴定、预防接种异常反应鉴定、医学文献检索与项目查新等。